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Ce genre comprend les espèces suivantes appelées mulots :
- Apodemus agrarius (Pallas, 1771) – mulot rayé
- Apodemus alpicola Heinrich, 1952 - mulot alpestre
- Apodemus argenteus (Temminck, 1844)
- Apodemus arianus (Blanford, 1881)
- Apodemus chevrieri (Milne-Edwards, 1868)
- Apodemus draco (Barrett-Hamilton, 1900)
- Apodemus flavicollis (Melchior, 1834) – mulot à collier
- Apodemus fulvipectus Ognev, 1924
- Apodemus gurkha Thomas, 1924
- Apodemus hermonensis Filippucci, Simson, and Nevo, 1989
- Apodemus hyrcanicus Vorontsov, Boyeskorov, and Mezhzherin, 1992
- Apodemus latronum Thomas, 1911
- Apodemus mystacinus (Danford and Alston, 1877) – mulot rupestre
- Apodemus peninsulae (Thomas, 1907)
- Apodemus ponticus Sviridenko, 1936
- Apodemus rusiges Miller, 1913
- Apodemus semotus Thomas, 1908
- Apodemus speciosus (Temminck, 1844)
- Apodemus sylvaticus (Linnaeus, 1758) - mulot sylvestre, souris sauteuse
- Apodemus uralensis (Pallas, 1811) - mulot pygmée
- Apodemus wardi (Wroughton, 1908)